gcc3の-mcpu,-mtuneオプション

Intelだと両方同じ意味だったのですね。
SPARCやAlphaだとそれぞれの意味は

-mcpu

Set the instruction set, register set, and instruction scheduling parameters for machine type cpu_type.

-mtune

Set the instruction scheduling parameters for machine type cpu_type, but do not set the instruction set or register set that the option -mcpu=cpu_type would.

となっています。ev5でもev6でも動くバイナリを作りたければ-mtuneを使い、互換性無視でよければ-mcpuを使うという具合に使い分けていました。ま、もっぱら-mtuneばかりですが。

Intelの場合は-mtuneと-mcpuは同義で、もうひとつ-marchというのが増えています。

-mcpu,-mtune

Tune to cpu-type everything applicable about the generated code, except for the ABI and the set of available instructions.

-march

Generate instructions for the machine type cpu-type.

他に-marchが使えるアーキテクチャはARM,MIPS,HPPA,S/390など。
そういえばCobalt Cubeでは-marchを使った覚えがあるような。