CATALINA_OPTSとJAVA_OPTSの違い

bin/catalina.shのコメントに書かれているように、stop時も使われるかが違うだけです。

CATALINA_OPTS

Java runtime options used when the “start”, or “run” command is executed.

JAVA_OPTS

Java runtime options used when the “start”, “stop”, or “run” command is executed.

例えば-Xmx指定などは、本来CATALINA_OPTSで十分なはずです。
また、gcログの出力ファイル名に起動時の日時をつけたい場合なども、起動時だけ有効なCATALINA_OPTSを使うと簡単におこなえます。

CATALINA_OPTS="-XX:+PrintGCDetails -Xloggc:$CATALINA_HOME/logs/gc.`date '+%Y-%m-%d-%H%M%S'`.log"

JAVA_OPTSに指定すると、停止用に起動されたjvm分の余計なファイルができちゃいますが、CATALINA_OPTSなら本来ほしいTomcat分のgcログだけにできるはずです。

私はこれを$CATALINA_HOME/bin/setenv.shに書くようにしています。